立体显微镜因其所具备的众多优点在工农业和科研各部门有着广泛的应用。若在使用过程中出现一些问题可根据实际情况自行解决。根据实际使用情况常见的故障有：视场较模糊或有脏物，可能的原因有标本上有脏物，目镜表面有脏物，物镜表面有脏物，工作板表面有脏物。可根据实际情况采取清洁标本，目镜，物镜和工作板表面的脏物解决。
双像不重合可能的原因为瞳距调节不正确可采取修正瞳距的措施，双像不重合也可能是视度调节不正确可采取重新进行视度调节，还有可能是左右目镜倍率不同可检查目镜并重新安装相同倍率的目镜。如果是图像不清晰可能是物镜表面有脏物请清洁物镜。如果变焦时图像不清晰有可能是视度调整不正确和调焦不正确，可重新进行视度调节和调焦。若发生灯泡经常烧掉和灯光闪烁不定的情况时，则也许是当地的线电压太高，灯泡快烧坏了和电线连接不良，请仔细检查电压和显微镜的电线连接情况是否牢固，如不是则可能是灯泡快烧坏了可重新更换灯泡解决。
立体显微镜在使用前的调校主要有：调焦，视度调节，瞳距调节和灯泡更换几个步骤。下面分别进行说明。
调焦：将工作台板放入底座上的台板安装孔内。观察透明标本时，选用毛玻璃台板；观察不透明标本时，选用黑白台板。然后松开调焦滑座上的紧固螺钉，调节镜体的高度，使其与所选用的物镜放大倍数大体一致的工作距离。调好后，须锁紧紧固螺钉。调焦时，建议选用平面物体，如印有字符的平整纸张、直尺、三角板等。
视度调节：先将左右目镜筒上的视度圈均调至0刻线位置。通常情况下，先从右目镜筒中观察。将变倍手轮转至最低倍位置，转动调焦手轮和视度调节圈对标本进行调节，直至标本的图像清晰后，再把变倍手轮转至最高倍位置继续进行调节直到标本的图像清晰为止，此时，用左目镜筒观察，如不清晰则沿轴向调节左目镜筒上的视度圈，直到标本的图像清晰为止。
瞳距调节：扳动两目镜筒，可以改变两目镜筒的出瞳距离。当使用者观察视场中的两个圆形视场完全重合时，说明瞳距已调节好。应该注意的是由于个体的视力及眼睛的调节差异，因此，不同的使用者或即便是同一使用者在不同时间使用同一台显微镜时，应分别进行齐焦调整，以便获得最佳的观察效果。无论是更换上光源灯泡，还是更换下光源灯泡，在更换前，请务必将电源开关关上，电源线插头一定要从电源插座上拔下。当更换上光源灯泡时，先拧出上光源灯箱的滚花螺钉，取下灯箱，然后从灯座上卸下坏灯泡，换上好灯泡，再把灯箱和滚花螺钉装上即可。当更换下光源灯泡时，需将毛玻璃台板或黑白台板，从底座上取出，然后从灯座上取下坏灯泡，换上好灯泡；再把毛玻璃台板或黑白台板装好即可。更换灯泡时，请用干净的软布或棉纱将灯泡玻壳擦拭干净，以保证照明效果。
